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Nach seinem Studium der Medizin wurde Carl Ruge 1871 auf Empfehlung seines Onkels Rudolf Virchow neben seiner Tätigkeit als praktizierender Arzt und Geburtshelfer Leiter des Laboratoriums für mikroskopische und klinische Untersuchungen an der Frauenklinik der Charité. Ferner war er lange Zeit Mitarbeiter von Karl Schroeder. Von 1882 bis 1912 leitete er dann das für die Gynäkologie geschaffene pathologische Institut an der Universitäts-Frauenklinik in der Berliner Artilleriestraße. 1896 erfolgte die Ernennung zum Professor.
Im bekannten Lehrbuch der gynäkologischen Diagnostik bearbeitete Ruge die mikroskopisch-diagnostischen Abschnitte. Er erarbeitete, teils in Zusammenarbeit mit dem jungen Gynäkologen Johann Veit, die Grundlagen der gynäkologischen Histopathologie, insbesondere in der mikroskopischen Diagnostik zur Frühdiagnose der Uteruskarzinome. Er gilt zusammen mit Veit als Erstbeschreiber des Gebärmutterhalskrebses. Ruge war unter anderem Mitglied des Deutschen Zentralkomitees zur Erforschung und Bekämpfung der Krebskrankheit e. V.